Конфиг с ограничениями рас был напутанный весь, многие ограничения дублировались по несколько раз, с разными ограничениями, в одном месте у молекулы одно ограничено, в другом другое.
Навёл порядок, отсортировал, но т.к. всё это делалось автоматически - что-то могло пойти не так.
Если что-то изменилось - пишите сюда.