Жесткие диски - "самые медленные" компоненты компьютера. Другие компоненты не зависят от движущихся частей и относительно этого критерия - работают быстрее. Соответственно фрагментация файлов заставляет головки жестких дисков работать интенсивнее, что отражается на быстродействии системы.
Я использую- Advanced Defrag 4.2.1